本期我们将深入探讨尊龙凯时品牌的CRISPR/Cas系统编辑效率验证技术,帮助您顺利完成基因编辑实验的终极确认!基因编辑效率简单而言,是成功实现目标基因编辑的细胞或样本所占比例。该比例直接反映了基因编辑工具的有效性,无论在科研探索还是在向基因治疗与生物制药实践应用迈进的过程中,准确验证基因编辑效率都是不可或缺的一步。
当前市场上最基础的基因编辑检测工具——T7核酸酶I(T7EndonucleaseI),如同敏锐的“侦察兵”,是一种能够特异性识别并切割不完全配对的DNA序列的核酸内切酶。它常用于ZFNs、TALENs和CRISPR/Cas9等引起的基因突变的鉴定。当通过基因编辑技术获得插入或缺失的突变基因序列时,将编辑后的DNA与野生型DNA置于一起,经过变性再退火,野生型的DNA单链与基因编辑后的DNA单链将发生错配,从而形成异源双链DNA结构。此时,添加T7核酸内切酶I能够特异性识别这些错配的异源双链DNA,并在错配位点附近进行切割。通过琼脂糖凝胶电泳,能够清晰显示酶切后的条带,从而确认基因编辑效率的有效性。
尊龙凯时的T7EndonucleaseI(CatNo:M017)能够有效检测ZFNs、TALENs、CRISPR/Cas9等基因编辑后形成的突变体,其切割效率高,是基因编辑检测的理想选择。
在进行基因编辑的过程中,会在靶基因中引入插入或缺失。需直接提取基因组DNA,扩增靶基因附近的片段,采用PCR一代测序法进行鉴定。如果检测到编辑后位点的双峰或杂峰,则证明产生了有效的基因编辑。此外,尊龙凯时提供了适配NGS测序的多种通用型接头供用户选择。
在基因编辑检测中,质谱法的核心在于通过测定生物分子的质荷比来分析其结构。首先提取并纯化基因编辑后的细胞或组织样本中的蛋白质,经酶解处理后变为肽段混合物。随后,通过电喷雾离子化(ESI)或基质辅助激光解吸离子化(MALDI)等方法将肽段转化为气态离子。离子进入质量分析器后,由于电场和磁场的影响,不同质荷比的离子被分离开。在飞行时间质量分析器中,离子的飞行时间差异用于确定质荷比。最终,得到质谱图并与数据库中已知的蛋白质质谱图进行比对,从而推断蛋白质的氨基酸序列。由于基因编辑会改变编码序列和一级结构,通过质谱图的对比变化,可以间接反映基因编辑对蛋白质的影响,从而评估基因编辑的效果。
流式细胞术是一种基于细胞光学特性与荧光标记的检测技术。当将基因编辑后的细胞样本制成单细胞悬液后,在压力驱动下,这些细胞依次通过流动室与激光束交叉。细胞在激光激发下产生荧光,同时也会产生散射光。前向散射光与细胞大小相关,而侧向散射光与细胞内部复杂度有关。如果基因编辑使细胞表达特定标记蛋白,标记特异性抗体与目标蛋白结合后,细胞便携带荧光信号。光学系统收集这些荧光及散射光信号,由荧光检测器(光电倍增管)和散射光检测器(光电二极管)将光信号转化为电信号。通过分析这些信号,例如绘制荧光强度与细胞数量的直方图,可以计算出成功表达目标蛋白的细胞比例,从而实现对细胞群体的多参数定量分析。
在下一期中,我们将聚焦于基因编辑实验操作中的脱靶问题解决方案,从优化编辑工具到调整实验条件,手把手教您如何提高基因编辑实验的成功率!敬请关注,和尊龙凯时一起在基因编辑的道路上披荆斩棘!
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